In de beginjaren van de spoorwegen zijn er al snel plannen voor een verbinding tussen Engeland en het Koninkrijk Hannover via Harlingen, op dat moment de derde haven van Nederland. Al in 1845 vraagt North and Baltic Sea Railway een concessie aan voor de aanleg van de internationale verbinding naar Bremen en Hamburg. Door tegenwerking van Hannover gaan de plannen, net als latere vergelijkbare plannen, niet door. In het kader van de eerste Staatsaanleg komt er twee decennia later alsnog een spoorwegverbinding tussen de Harlingse haven en het Hannoverse achterland. Op dat moment zijn er al diverse snellere verbindingen tussen Engeland en Duitsland en is de lijn eigenlijk alleen nog van regionaal belang. Desondanks heeft Harlingen nog altijd een station in de haven. Buiten één spoor voor reizigerstreinen resteren van het emplacement alleen nog enkele stukken rails in de bestrating.
De spoorlijn van Harlingen naar Leeuwarden, Groningen en de grens bij Nieuwe Schans is vanaf oktober 1863 in etappes in gebruik genomen. Wanneer de spoorlijn in 1876 eindelijk op het dan inmiddels Pruisische spoorwegnet is aangesloten, bestaan al diverse concurrerende spoorlijnen waardoor kortere vaarverbindingen van en naar Engeland mogelijk zijn. Een doorgaande verbinding tussen Engeland en Duitsland via Harlingen komt dan ook nooit van de grond. Desondanks krijgt de Harlingse veerhaven, als werkelijk startpunt van de verbinding, een eigen halte naast het hoofdstation van de stad. De halte bij de Oude Veerhaven heeft echter geen voorzieningen en wordt slechts sporadisch gebruikt voor het reizigersvervoer. In 1877 opent prins Hendrik bij het beginpunt van de spoorlijn de Nieuwe Willemshaven. Bij de op- en overslaghaven komt een bescheiden spoorwegemplacement. In de loop der jaren breidt het aantal sporen verder uit en komen er tussen het hoofdstation en de haven verschillende bedrijfsaansluitingen.
In 1961 is de nieuwe veerhaven in gebruik genomen. De bijbehorende halte is tegelijkertijd zo’n 600 meter richting de Waddenzee verplaatst. De start van de kilometrering van Staatslijn B is hierdoor sindsdien -0,6. Op één van de twee nieuwe perronsporen zet NS een goederenwagon met een loket neer. Zes jaar later is het emplacement tussen Harlingen en Harlingen Haven binnendijks nog verder uitgebreid door de komst van een laadstation voor de VAM.
In 1970 is de loketwagon vervangen door een vierkant houten gebouwtje met loket. Twintig jaar later is het gebouwtje alweer verwijderd. Enkele jaren later rijden de laatste goederentreinen naar Harlingen. In 1992 sluit de laad- en losplaats en vindt alleen op contractbasis nog huisvuil- en aardappelvervoer plaats. In 1996 rijden de laatste goederentreinen.
Station Harlingen Haven is in maart 2009 gesloten om plaats te maken voor een nieuwe kademuur en nieuw binnendijks station. In juni 2010 zijn de kademuur en het nieuwe enkelsporige station in gebruik genomen. Aan de andere kant van de kademuur is de daaropvolgende jaren het terrein van de Willemshaven opgeknapt en van industriële haven omgevormd tot aantrekkelijk toeristisch gebied. Hierbij blijven, naast enkele karakteristieke bouwwerken, ook de laatste restanten van het emplacement in de bestrating bewaard. In juli 2019 is op één van de sporen ter hoogte van het monumentale Entrepotgebouw een stalen bagagerijtuig van NS neergezet. Stalen D 6066 uit 1932 komt na een lange tijd bij NS in particulier bezit en is ook nog enkele jaren eigendom van de Stichting 162. Het rijtuig is in 2016 overgenomen door de Gemeente Harlingen en fungeert na een opknapbeurt sinds de zomer van 2019 als informatiecentrum De Wagon.
Stalen D 6066 komt in 1932 bij NS in dienst als bagagewagen. Al in 1960 gaat het rijtuig over naar de ‘ongevallenvloot’ van NS. Hierna wijzigt het nummer regelmatig. In 1994 is de Stalen D voor het laatst verbouwd en hierbij vernummerd in 80 84 975 1 517. Bij de verbouwing zijn de oude Materieel ’36-draaistellen nog gewisseld met Plan E-draaistellen zodat de maximale snelheid verhoogd kan worden. Zes jaar later gaat de ongevallenwagen na bijna 70 jaar bij NS terzijde en komt het in particulier bezit. De Stalen D is hierbij onder andere enige tijd in gebruik als werkwagen bij Stibans op de Watergraafsmeer. In 2010 neemt de Stichting 162 het rijtuig over. In 2016 koopt de gemeente Harlingen de Stalen D. Het is de bedoeling dat het rijtuig na een opknapbeurt als sanitaire voorziening in de haven gaat dienen. Als dit door ruimtegebrek op de geplande locatie niet mogelijk blijkt, besluit de gemeente de voormalige D 6066 als informatiecentrum in te richten.
Op de foto boven dit artikel: op de restanten van de Harlingse havensporen bij het Entrepotgebouw uit 1904 is in juli 2019 een voormalig bagagerijtuig van NS uit 1932 geplaatst. Stalen D 6066 is hier in gebruik als informatiecentrum annex expositieruimte. Harlingen, 17 april 2021.