Als oplossing voor het laden en lossen van goederen en vee en ter ontlasting van de bestaande veerboten neemt de HSM voor het goederenvervoer tussen Amsterdam en Fryslân rond de vorige eeuwwisseling drie spoorponten in gebruik. Nadat de spoorwegmaatschappijen steeds intensiever gaan samenwerken, wordt een concurrerende verbinding via de Zuiderzee steeds minder belangrijk. De opening van de Afsluitdijk maakt de spoorponten niet veel later helemaal overbodig. Ter herinnering aan de ponten is in 2016 in Stavoren een replica van een pontbrug neergezet.
In 1885 worden de staatslijnen tussen Amsterdam en Enkhuizen en tussen Leeuwarden en Stavoren in gebruik genomen. Terwijl de exploitatie van de treindienst op de eerstgenoemde verbinding naar de HSM gaat, gaan de concurrerende Staatsspoorwegen de treinen in Fryslân rijden. Desondanks gaat in 1886 een door de HSM gefinancierde veerdienst tussen beide eindpunten van start. Terwijl de veerponten in Enkhuizen aansluiten op de treinen van de spoorwegmaatschappij, laat de aansluiting op de treinen van de SS in Stavoren te wensen over.
In 1890 gaat de exploitatie van het treinverkeer tussen Leeuwarden en Stavoren over naar de HSM en ontstaat een aantrekkelijke verbinding tussen Fryslân en Amsterdam. De route via de Zuiderzee is al snel een belangrijke concurrent van de spoorwegverbinding via Zwolle. Bovendien neemt de HSM de exploitatie van de veerdienst tussen Stavoren en Enkhuizen vanaf 1896 voor eigen rekening.
Als oplossing voor het arbeidsintensieve en tijdrovende laden en lossen van goederen en vee én ter ontlasting van de bestaande veerboten is een jaar later besloten het vervoer van goederenwagons per speciale spoorpont mogelijk te maken. In 1899 neemt de HSM stoompont de ‘Stavoren’ in gebruik. Op het schip liggen twee sporen met plaats voor in totaal veertien goederenwagons. Wegens groot succes is in 1902 tweede pont ‘Enkhuizen’ in gebruik genomen. Zeven jaar later volgt de ‘Leeuwarden’.
Wanneer de spoorwegmaatschappijen rond 1917 intensiever gaan samenwerken en bovendien 15 jaar later de Afsluitdijk gereed is, raken de spoorponten overbodig. De ‘Stavoren’ is al in 1927 verkocht. Het duurt echter nog tot 1936 andere twee goederenponten uit de vaart worden genomen.
De veerponten voor passagiers blijven langer doorvaren. In 1923 neemt de HSM zelfs een derde passagiersschip in gebruik. Na de opening van de Afsluitdijk en de opkomst van het busvervoer en het particuliere autobezit neemt het aantal passagiers snel af. Vanaf 1963 wordt de dienst niet meer voor rekening van NS geëxploiteerd. De boten varen echter tussen april en oktober nog altijd enkele keren per dag, nu als toeristische attractie.
Zowel in Enkhuizen als in Stavoren komt een speciale constructie om de goederenwagons op en van de pont te krijgen. Bij aankomst in de havens wordt de pont vastgeklemd in een zogenaamde pontfuik. Aan wal komt een negen meter hoge beweegbare brug met rails. Deze aanbrug is door de verschillende waterstanden van de Zuiderzee en het gewicht van de goederenwagons tijdens het laden en lossen continue in beweging. Om de wagons van en naar de pont te verplaatsen, wordt een dertig meter lange koppelwagen gebruikt. Hierdoor kan de relatief zware locomotief altijd aan wal blijven.
Na het vertrek van de laatste spoorpont blijft het zogenaamde pontgat een ongebruikte hoek in de haven van Stavoren. In het voorjaar van 2016 is het pontgat opgeknapt en voorzien van een replica van de pontbrug. De brug is afgesloten door een metalen constructie die een spoorpont met goederenwagons verbeeldt.
Op de foto boven dit artikel de gereconstrueerde pontbrug in Stavoren op 15 juni 2025. De metalen constructie toont de contouren van een spoorpont met aan beide zijden een goederenwagon.