Wanneer de Nederlandsche Rhijnspoorweg-Maatschappij in 1843 de spoorlijn Amsterdam – Utrecht in gebruik neemt, komt ook in Abcoude een eenvoudige halte. Zoals gebruikelijk bij de NRS doet de plaatselijke directiekeet dienst als voorlopig stationsgebouw. Net als in de meeste andere plaatsen langs de Rhijnspoorweg is de omgebouwde keet na een aantal jaar vervangen door een echt stationsgebouw. De NRS neemt het definitieve stationsgebouw van Abcoude in 1871 in gebruik. Het gebouw wijkt sterk af van de eerder gebouwde stations van de spoorwegmaatschappij. Het rechthoekige ontwerp bestaat over de gehele breedte uit twee verdiepingen. Terwijl op de begane grond ruimte is voor de reguliere stationsactiviteiten zijn op de bovenverdieping drie woningen ondergebracht. Zowel de stationschef, de stationswachter als de brugwachter wonen in het gebouw.
Omdat het Amstelstation door de aanleg van de Amsterdamse metro twee sporen moet inleveren, verplaatst NS de inhaalmogelijkheid voor het treinverkeer eind jaren ’70 naar Abcoude. De twee zijperrons langs de twee sporen maken plaats voor twee eilandperrons met aan beide zijden een spoor. Beide perrons zijn verbonden via een nieuwe tunnel. NS verplaatst de stationsactiviteiten van het grote gebouw naar een eenvoudig nieuw ontvangstgebouw bij de ingang van de reizigerstunnel. In 1977 is de aanpassing van het station gereed en sluit NS het oude stationsgebouw. De gemeente houdt de geplande sloop van het gebouw tegen.
Zo’n 25 jaar later start de spoorverdubbeling tussen Amsterdam en Utrecht. Ter hoogte van het oude station van Abcoude wordt de Gein via een aquaduct over de verdiept aangelegde viersporige spoorlijn geleid. Omdat de sporen ter hoogte van het station hierna op een helling liggen, krijgt Abcoude een nieuw station dat zo’n 800 meter ten noorden van het oude station ligt. Nadat het nieuwe station in 2007 in gebruik wordt genomen, is het gebouwtje uit 1977 gesloopt en is het oude emplacement opgeruimd. Het oude stationsgebouw uit 1871 staat dan al sinds de sluiting grotendeels leeg en raakt steeds verder in verval.
In 2015 is het gebouw verkocht en omgebouwd tot hotel. In mei 2016 is het stationsgebouw geheel gerenoveerd als Boutique Hotel De Witte Dame in gebruik genomen. Terwijl de buitenzijde zoveel mogelijk in historische staat is teruggebracht, is aan de binnenzijde niets meer te vinden dat aan de oorspronkelijke functie van het gebouw herinnert. Doordat de sporen ter hoogte van het gebouw onder maaiveldniveau liggen, gaat het treinverkeer vrijwel onopgemerkt aan het gebouw voorbij.
Op de kaarten hieronder de situatie in Abcoude rond 1930 en 2020 met het voormalige stationsgebouw als middelpunt van beide kaarten. Het huidige station is op de nieuwe kaart in de linker bovenhoek te zien.
Op de foto boven dit artikel het oude stationsgebouw van Abcoude dat op 16 mei 2016 voor het eerst weer de deuren voor publiek opent. Nu als Boutique Hotel De Witte Dame.