In 1842 neemt de Hollandsche IJzeren Spoorweg-Maatschappij het baanvak Haarlem – Leiden van de Oude Lijn in gebruik. Halverwege Lisse en Hillegom komt op het gelijknamige landgoed het station Veenenburg. Bijna 50 jaar later wordt besloten om station Veenenburg te vervangen door nieuwe stations in beide plaatsen. In eerste instantie stoppen de eerste treinen in Lisse bij de stopplaats Delfweg. In 1896 wordt de stopplaats samen met de nabijgelegen wachterswoning als de halte Lisse in gebruik genomen. In 1905 neemt de HSM aan de andere zijde van de overweg het stationsgebouw van Lisse in gebruik. In september 1944 verdwijnt Lisse alweer uit het Spoorboekje.
Lisse krijgt in 1905 een opvallend asymmetrisch stationsgebouw. Door de afwisseling in de verschillende bouwdelen, het vele houtwerk en de afgeschuinde hoeken in het hoge middendeel krijgt het gebouw een levendige aanblik. In de loop der jaren is het gebouw enigszins gemoderniseerd waarbij veel van het decoratieve houtwerk verdwijnt. Ook het balkon aan de straatzijde is grotendeels dichtgemaakt. Tenslotte verdwijnt het karakteristieke poortje tussen het hoofdgebouw en het toiletgebouwtje.
Voor bezoekers aan de Keukenhof laat NS in de jaren ’50 en ’60 weer diverse reguliere treinen in Lisse stoppen. Tot in de jaren ’90 rijden in het voorjaar ook speciale treinen uit Duitsland en België naar het station. Intussen heeft NS eind jaren ’80 plannen om het stationsgebied te moderniseren voor het regelmatige seizoensvervoer. Zo is in 1989 even ten zuiden van het stationsgebouw een nieuw perron in gebruik genomen. Het is de bedoeling om na de opening van het perron het stationsgebouw te slopen.
Door verschillende acties is de sloop van het voormalige stationsgebouw alsnog voorkomen. Vanaf 1994 heeft het gebouw een horecafunctie. Hierbij blijft een groot deel van het oorspronkelijke interieur bewaard. Een deel van het oude perron is in gebruik als terras. Het voormalige stationsgebouw is vanaf het jaar 2000 een Rijksmonument. Een jaar eerder rijdt Lovers Rail voor het laatst de zogenaamde Keukenhof Express tussen Amsterdam en Lisse. Hierna stoppen er geen treinen meer bij het station. In 2002 is het perron uit de jaren ’80 weer verwijderd. Vanaf 2008 is de Stichting Kasteel Keukenhof eigenaar van het station en het omliggende terrein.
Op de foto boven dit artikel het voormalige stationsgebouw van Lisse op 21 januari 2018.
De situatie rondom station Lisse op kaarten van rond 1930 en 2020. Rechtsonder is op loopafstand de Keukenhof te zien.