In 1843 neemt de Nederlandsche Rhijnspoorweg-Maatschappij de spoorlijn Amsterdam – Utrecht in gebruik. Tegelijkertijd neemt de NRS in Abcoude een plaatselijke directiekeet in dienst als stationsgebouw. De omgebouwde keet is in 1871 vervangen door een echt stationsgebouw. Het grote gebouw bestaat over de gehele breedte uit twee verdiepingen en heeft woningen voor de stationschef, de stationswachter als de brugwachter. In de jaren ’70 breidt NS het emplacement van Abcoude uit en verplaatst de vervoerder de stationsactiviteiten naar een eenvoudig nieuw ontvangstgebouw bij de ingang van de nieuwe perrontunnel. Het oude stationsgebouw sluit in 1977.
Zo’n 25 jaar later start de spoorverdubbeling tussen Amsterdam en Utrecht. Ter hoogte van het oude station wordt de Gein via een aquaduct over de verdiepte viersporige spoorlijn geleid. Omdat de sporen ter hoogte van het station hierna op een helling liggen, krijgt Abcoude zo’n 800 meter ten noorden van het oude station een nieuw station. Nadat het nieuwe station in april 2007 in gebruik is genomen, is het gebouwtje uit 1977 gesloopt. Het nieuwe station bestaat uit een eilandperron met een korte overkapping boven de trap naar de tunnel. De tunnel komt uit op het stationsplein aan de zijde van het dorp. Het oude stationsgebouw is in 2015 verkocht en omgebouwd tot hotel.
Op de foto boven dit artikel de entree en perronkap van station Abcoude op 16 mei 2016.