Net als veel andere stations en haltes aan de Rhijnspoorweg krijgt ook Breukelen bij de opening van de spoorlijn in 1843 geen echt stationsgebouw. De NRS zet in 1872 alsnog een stationsgebouw in Breukelen neer. Het symmetrische gebouw bestaat uit een laag middendeel met twee eindgebouwen van anderhalve verdieping die haaks op het middendeel staan.
In 1980 vervangt NS het stationsgebouw als één van de laatste kleinere stationsgebouwen door een eenvoudig standaardontwerp. Breukelen krijgt dat jaar, net als diverse vergelijkbare gemeenten in de voorgaande jaren, een zogenaamde tweekamerbungalow met de noodzakelijke voorzieningen. Het rechthoekige stationsgebouw bestaat uit betonsteen, houten kozijnen en houten liggers.
In 2001 is het stationsgebouw gesloopt om plaats te maken voor spoorverdubbeling tussen Amsterdam en Utrecht. Het nieuwe station is in 2009 gereed. Onder de sporen komen een langzaamverkeerroute en een watergang. Ook staan hier de kaartautomaten en is via een trap en een lift het gedeeltelijk overdekte eilandperron te bereiken. Op het stationsplein staat een driehoekig, grotendeels glazen gebouw met wachtruimte voor busreizigers en een ruimte voor buspersoneel. De driehoekige kap van het gebouwtje loopt tot de tunnel onder de sporen.
Op de foto boven dit artikel het derde ‘stationsgebouw’ van Breukelen op 28 maart 2014.
