In november 1861 neemt de S.A. de chemin de fer de Liège a Maestricht et ses extensions de spoorlijn Luik – Maastricht in gebruik. Het grensstation Eijsden krijgt een langgerekt laag stationsgebouw met aan beide zijden een hoog eindgebouw. In het middendeel van het gebouw komen de nodige stations- en douanevoorzieningen. Beide eindgebouwen dienen als woning.
In 1901 is het stationsgebouw aanzienlijk verbouwd. Naast het linker eindgebouw komt een lage vleugel. Het rechter eindgebouw is vervangen door een nieuw, lager eindgebouw dat aan de straatzijde ver naar voren staat. Ook voor het middendeel komt een nieuw laag bouwdeel.
Na de Tweede Wereldoorlog verhuizen de laatste douanehandelingen naar Maastricht en raakt het stationsgebouw grotendeels overbodig. In 1965 zijn beide eindgebouwen gesloopt. Ook een deel van het uitgebreide emplacement is hierbij opgebroken. De aanwezigheid van de zinkwitfabriek naast het station, zorgt er echter voor dat een deel van de sporen nog enkele decennia blijft liggen.
In de jaren ’70 is het middendeel van het stationsgebouw nog eens gehalveerd. Bij de elektrificatie in 1985 verdwijnt de klassieke beveiliging en het goederenvervoer en is Eijsden gereduceerd tot halte langs de vrije baan.
In december 2006 trekt de NMBS de intercitydienst tussen Brussel en Luik door naar Maastricht. Omdat het slechts 100 meter lange perron van Eijsden te kort is voor de nieuwe treinen, sluit NS het station en zijn reizigers aangewezen op de stadsbus naar Maastricht. In december 2011 kort de NMBS de intercitydienst in tot Visé en keert tussen Maastricht en Luik de stoptreindienst terug. Eijsden is hierbij weer in de dienstregeling opgenomen en zo weer het meest zuidelijke station van Nederland.
Op de foto boven dit artikel het restant van het stationsgebouw van Eijsden op 5 september 2021. Het gebouw bestaat uit de helft van het oorspronkelijke middendeel, te herkennen aan het puntdak en de voorbouw uit 1901 met het platte dak.