Bij de opening van het baanvak Utrecht – Waardenburg van Staatslijn H is in 1868 ook het eerste station van Houten in gebruik genomen. Het stationsgebouw is volgens het nieuwe standaardontwerp voor de zogenaamde Waterstaatstations van het type en vijfde klasse. Langs dezelfde spoorlijn krijgen ook Schalkwijk, Culemborg, Geldermalsen en Waardenburg een stationsgebouw van dit type. NS sluit het station bij de versnelling van de treindienst op het Middennet in 1935.
Eind jaren ’60 is Houten aangewezen als groeikern. De daaropvolgende decennia is het dorp flink uitbreid. In 1982 neemt NS ruim een kilometer ten noorden van het eerste station, midden in het nieuwe centrum, het nieuwe station Houten in gebruik. Langs de spoorlijn komen twee zijperrons met een korte overkapping. Het station ligt op maaiveldniveau, maar is desondanks deels uitgevoerd als viaductstation over de verdiepte langzaamverkeersroute ‘Onderdoor’. De loketfunctie komt in het nabijgelegen postkantoor dat voor de gelegenheid ook van NS-logo’s is voorzien.
Om ruimte te maken voor de spoorverdubbeling tussen Houten en Utrecht is het oude station tussen 2007 en 2009 in delen gesloopt. In 2010 is het vernieuwde station gereed. Het station bestaat voortaan uit een eilandperron met daaronder een ruime fietsenstalling. De vier sporen liggen zo’n twee meter hoger dan het oude tracé en worden door een grote, grotendeels glazen kap, overdekt. Het negentiende eeuwse stationsgebouw bestaat nog altijd en is voor de spoorverdubbeling 150 meter verplaatst.
Op de foto boven dit artikel de toegang tot het eilandperron van station Houten op 28 januari 2018.