Tijdens de Tweede Wereldoorlog leggen de Duitsers een groot aantal spooraansluitingen aan. Ook zijn op verschillende stations emplacementen aangepast aan de eisen van de Wehrmacht en komen langs bestaande spoorlijnen nieuwe laad- en losplaatsen. In de eerste bezettingsjaren zijn vooral spoorwegen voor de Wehrmacht en de Luftwaffe aangelegd. Later volgen ook spoorlijnen naar de kampen in Vught en Westerbork. Na de bevrijding van Zuid-Nederland legt het Britse leger ten zuiden van Nijmegen twee tijdelijke spoorlijnen aan voor de invasie van het Duitse grondgebied.
De Wehrmacht laat in de beginjaren van de oorlog verschillende emplacementen aanleggen. Zo komen langs de spoorlijn Amersfoort – Zwolle bij de legerplaatsen Wezep als Oldebroek grote betonnen laadperrons voor tanktransporten. Het emplacement van Vlissingen wordt aanzienlijk verbouwd om aan de eisen van de Wehrmacht te voldoen. Daarnaast worden drie nieuwe spooraansluitingen aangelegd. Aan de noordzijde van het dan al gesloten station Stroe aan de lijn Amersfoort – Apeldoorn komt in 1941 een anderhalve kilometer lange aftakking naar een munitiedepot. Op het terrein komen enkele laad- en losplaatsen. Ook stoppen voor de Wehrmacht weer verschillende treinen op het voormalige station. Datzelfde jaar is ten zuiden van Amersfoort ter hoogte van het huidige emplacement Vlasakkers een twee kilometer lange aansluiting naar het terrein van Kriegsersatz-Lager aangelegd. In Groesbeek, aan de lijn Nijmegen – Kleve, is in 1943 een drie kilometer lange spoorlijn naar het grote munitiedepot ten zuiden van het dorp aangelegd. De lijn loopt vanaf het station in een grote boog om het dorp heen.
In opdracht van de Luftwaffe worden de verschillende gevorderde vliegvelden aanzienlijk uitgebreid en gemoderniseerd. Voor de aanvoer van bouwmaterialen en vervolgens het vervoer van brandstof, munitie en werklieden krijgen de verschillende vliegvelden een spooraansluiting.
Leeuwarden
Vliegveld Leeuwarden is in de zomer van 1940 al aanzienlijk vergroot. Als onderbouw voor de nieuwe startbanen wordt onder andere puin vanuit het gebombardeerde Rotterdam per spoor aangevoerd. Aan de westzijde van de lokaallijn Leeuwarden – Stiens komt zowel aan de noordzijde als aan de zuidzijde van het vliegveld een aftakking van ongeveer anderhalve kilometer voor de bouw en de bevoorrading van het vliegveld. Naast een aantal laad- en losplaatsen komen er ook zes kleine locomotiefloodsen. Aan de westzijde van het vliegveld komt een net van smalspoorwegen die beide spooraansluitingen met verschillende munitiedepots, hangars en de Harlinger Trekvaart verbindt. In tegenstelling tot de andere spooraansluitingen die tijdens de Tweede Wereldoorlog zijn aangelegd, blijft het zuidelijke spoor naar de vliegbasis ook na de oorlog in gebruik. Het spoor is pas na de sluiting van de lijn Leeuwarden – Stiens, eind jaren ’90, opgebroken.
Gilze-Rijen
Nog voor het begin van de Tweede Wereldoorlog geeft het Nederlandse leger de opdracht voor een spoorverbinding tussen de spoorlijn Breda – Tilburg en vliegveld Gilze-Rijen. Na de capitulatie nemen de Duitsers de plannen over en in oktober 1940 is de bijna drie kilometer lange spoorlijn gereed.
Welschap bij Eindhoven
In de zomer van 1941 laten de Duitsers in aansluiting op de spoorlijn tussen Eindhoven en Valkenswaard een tien kilometer lange spoorlijn naar vliegveld Welschap, het latere Eindhoven Airport, aanleggen. In 1943 is de lijn ‘verlengd’ met een smalspoorlijn naar de munitiedepots op de Oirschotse heide.
Schiphol
In juli 1941 nemen de Duitsers vanaf de halte Aalsmeerderweg aan de Haarlemmermeerlijn tussen Hoofddorp en Aalsmeer een 6,5 kilometer lange spoorlijn naar Schiphol in gebruik. De lijn is bestemd voor de aanvoer van materialen, munitie en legertroepen. Na het bombardement van het vliegveld in december 1943 wordt de lijn alleen nog gebruikt voor de afvoer van bruikbare materialen en vliegtuigwrakken.
Vliegveld Deelen en radarbunker Diogenes
In de zomer van 1941 laten de Duitsers een negen kilometer lange spoorlijn tussen de Rhijnspoorweg bij Wolfheze en vliegveld Deelen aanleggen. Op 16 september dat jaar vindt zelfs een openingsrit, getrokken door een oersik, plaats. Vanaf het kleine emplacement aan de zuidzijde van het vliegveld komt een ruim drie kilometer lange aftakking naar het brandstofdepot ten noordwesten van het vliegveld. Nog voor het emplacement komt een aftakking van ongeveer een kilometer naar radarbunker Diogenes aan de Koningsweg. In tegenstelling tot de meeste spoorwegaansluitingen uit de Tweede Wereldoorlog, is het tracé van het zogenaamde Bommenlijntje nog altijd grotendeels te volgen in het landschap.
Volkel
Aan het begin van de Tweede Wereldoorlog leggen de Duitsers vliegveld Volkel aan. Vanaf de spoorlijn Boxtel – Gennep wordt een anderhalve kilometer lange spoorlijn naar het nieuwe vliegveld aangelegd.
Venlo
In het voorjaar van 1942 neemt de Luftwaffe vanaf de spoorlijn Venlo – Kaldenkirchen de nieuwe spooraansluiting naar vliegveld Venlo in gebruik. De lijn ligt vrijwel geheel parallel aan de Duitse grens.
Soesterberg
Het militaire vliegveld in Soesterberg heeft al sinds 1918 een aansluiting op de spoorlijn Utrecht – Amersfoort. Begin 1942 breiden de Duitsers de spoorlijn uit met een nieuwe zijtak die westelijk langs het vliegveld loopt.
Naast de genoemde spooraansluitingen naar de vliegvelden laat het Duitse leger ook een groot aantal aansluitingen aanleggen die bestemd zijn voor het transport van V-wapens. Vooral in Oost-Nederland komen diverse aansluitingen om V1- en V2-raketten naar de afvuurbanen te brengen. Omdat de aansluitingen tijdens de spoorwegstaking van 1944/1945 zijn aangelegd, is over deze verbindingen weinig gedocumenteerd. Wel is bekend dat bij station Laren-Almen en de voormalige halte Dijkerhoek een losspoor voor de raketten is aangelegd. Andere ontdekte aansluitingen zijn:
Ommen
Een deel van de V2-raketten wordt in het westen van het land afgevuurd. Omdat de transporten in het donker plaatsvinden, komen vlak over de Nederlandse grens enkele schuilsporen. Zo zijn in het bos ten oosten van Ommen twee schuilsporen aangelegd waar overdag treinen met V2-raketten kunnen worden gestationeerd. Ook komt in Ommen een aansluiting op een smalspoorlijn naar twee afvuurbanen bij Dalfsen.
Landgoed ’t Waliën
Bij de kruising tussen de spoorlijn Zutphen – Winterswijk en de Lochemseweg wordt een spoorlijn naar landgoed ’t Waliën aangelegd. De spooraansluiting eindigt zo’n drie kilometer ten oosten van de hoofdlijn.
Spooraansluitingen naar de kampen
Kamp Westerbork
In de zomer van 1942 laten de Duitsers vanuit Hooghalen aan de spoorlijn Meppel – Groningen een zes kilometer lange spoorlijn naar Kamp Westerbork aanleggen. Begin oktober dat jaar rijden de eerste deportatietreinen het kampterrein binnen. Hierna volgen nog vele transporten naar en vanaf het kamp. De spoorlijn is, met uitzondering van het stootblok, direct na de bevrijding opgebroken. In 1970 is voor het stootblok het Nationaal Monument Westerbork onthuld. Het monument bestaat uit een stootjuk en twee spoorstaven over 97 bielzen, verwijzend naar de Jodentransporten vanuit Nederland. Tussen het originele stootblok en het nieuwe stootjuk staat een muur met plaquettes. Zo’n 300 meter richting Hooghalen is in 2015 nog een stuk spoor gereconstrueerd. Hierop zijn twee goederenwagons geplaatst van waaruit de namen en leeftijden van de gedeporteerden te horen zijn.
Kamp Vught
In de periode februari, maart 1944 laten de Duitsers vanaf de spoorlijn ‘s-Hertogenbosch – Tilburg een spooraansluiting naar Kamp Vught aanleggen. De drie kilometer lange spoorlijn is voornamelijk bestemd voor het vervoer van vliegtuigwrakken die in de daar aanwezige industrieloodsen ontmanteld worden. In mei, juni en september 1944 vinden transporten met gevangenen vanuit het kamp plaats. Enkele jaren na de bevrijding is de spoorlijn opgebroken. In 2016 zijn drie korte stukken spoor gereconstrueerd en voorzien van informatiepanelen. Vanaf 2022 zijn bij Nationaal Monument Kamp Vught ook twee historische goederenwagons te zien die onder meer gebruikt zijn voor jodendeportatie.
Militaire spoorlijnen van het Britse leger
Niet alleen de Duitse bezetter laat spooraansluitingen aanleggen. Begin 1945 legt het Britse leger voor de invasie van het Duitse grondgebied ten zuiden van Nijmegen twee spoorlijnen aan. Met de militaire spoorlijn ontstaat een directe verbinding tussen de bestaande sporen tussen Wijchen en de Duitse grens bij Hommersum. De spooraansluitingen zijn nodig omdat de Maasbruggen bij Gennep en Mook zijn vernield en het station van Nijmegen nog binnen Duits geschutgebied ligt. De nieuwe verbindingen liggen in de bossen van Heumensoord en langs bestaande wegen tussen Mook en Gennep.
De eerste spoorlijn krijgt de bijnaam Diversion en ligt tussen het huidige station Nijmegen Goffert aan de spoorlijn ‘s-Hertogenbosch – Nijmegen en de lijn naar Venlo waar de verbinding zo’n 2,5 ten zuiden van het huidige station Nijmegen Heyendaal op de Maaslijn aansluit. Het Britse leger neemt de vijf kilometer lange spoorlijn eind februari 1945, na een aanlegperiode van slechts een maand, in gebruik.
Het tweede deel van de militaire spoorlijn krijgt de naam Hawkins Link. De verbinding is 15 kilometer lang en loopt vanaf station Mook-Middelaar, het huidige Mook-Molenhoek, langs verschillende bestaande wegen naar de spoorlijn Boxtel – Wesel. Zo’n anderhalve kilometer ten oosten van station Gennep sluit de lijn aan op het bestaande spoor naar Duitsland. De nieuwe aansluiting is vernoemd naar de Duitse plaatsje Hommersum, net over de grens. Bij Hommersum Junction komt, net als langs andere punten langs de militaire spoorlijn, een goederenwagen als blokpost. De Hawkins Link is enkele dagen na de Diversion gereed. Op 27 februari 1945 rijdt de eerste trein over de complete spoorwegverbinding. Na de capitulatie is de spoorlijn nog korte tijd in gebruik voor het vervoer van verlofgangers. In de zomer van 1946 zijn de militaire spoorlijnen weer opgebroken.